1999年10月，以穆沙拉夫为首的军方解散了当时的谢里夫政府，成立了国家安全委员会，穆沙拉夫任首席执行官。2001年6月20日，穆沙拉夫宣誓就任巴基斯坦总统。2008年1月29日，穆沙拉夫宣誓就任新一届巴基斯坦总统。